Omicron: Bagaimana tes COVID-19 mengidentifikasi varian baru?
Uncategorized

Omicron: Bagaimana tes COVID-19 mengidentifikasi varian baru?

Sekarang sudah lebih dari sebulan sejak varian Omicron pertama kali dilaporkan ke Organisasi Kesehatan Dunia.

Sejak itu, jumlah kasus Omicron telah meledak di seluruh dunia, termasuk di Kanada. Menurut data yang dikumpulkan oleh CTVNews.ca, lebih dari 8.000 kasus Omicron telah dilaporkan di seluruh negeri.

Tetapi untuk setiap varian baru yang menimbulkan kekhawatiran, mungkin juga muncul pertanyaan tentang bagaimana tepatnya peneliti tahu apa yang harus dicari, dan apakah tes saat ini mampu mengidentifikasi varian baru atau tidak.

Pengujian berbasis asam nukleat, juga dikenal sebagai pengujian molekuler, adalah jenis tes utama yang digunakan di Kanada untuk mendiagnosis COVID-19, menurut Badan Kesehatan Masyarakat Kanada. Dari semua tes molekuler, reaksi berantai polimerase (PCR) adalah yang paling umum.

Dr. Marek Smieja adalah seorang dokter penyakit menular dan profesor di Universitas McMaster di Hamilton. Dia menjelaskan, tes PCR biasanya fokus pada dua hingga tiga target, atau bagian dari genom COVID-19, yang dianalisis untuk menentukan variannya. Salah satu bagian yang menjadi perhatian khusus adalah S-gen.

“Biasa digunakan [procedure] akan mendeteksi bagian dari gen S, protein lonjakan,” katanya kepada CTVNews.ca dalam sebuah wawancara telepon pada hari Rabu. “Itu selalu menarik karena protein lonjakan mungkin merupakan protein utama yang mengikat reseptor manusia dan berinteraksi dengan sistem kekebalan tubuh kita.”

Saat melakukan tes, ada harapan bahwa semua target akan melihat hasil positif, menunjukkan bahwa mereka ada dalam jumlah yang kurang lebih sama, kata Dr. Dan Gregson, seorang profesor di Fakultas Kedokteran Cumming University of Calgary. Namun dengan varian Omicron, katanya, sama seperti yang diamati pada varian Alpha, S-gen tidak bisa dideteksi.

“Ada mutasi di daerah lonjakan yang menyebabkannya tidak positif,” katanya dalam wawancara telepon dengan CTVNews.ca, Rabu. “Anda kehilangan lonjakan – ini disebut kegagalan target gen lonjakan.”

Smieja menggambarkan ini sebagai “petunjuk awal bahwa ini adalah virus yang berbeda.” Varian Delta misalnya, yang menyumbang sebagian besar kasus COVID-19 yang terdeteksi di Kanada sejauh ini, memiliki gen-S. Sementara varian Omicron dan Alpha sama-sama memiliki sifat ini, Smieja menjelaskan bahwa karena yang terakhir hampir sepenuhnya menghilang, sebagian besar contoh kegagalan target gen S ini melibatkan varian Omicron.

Setelah para ilmuwan di Afrika Selatan mengamati putus sekolah ini, mereka melakukan apa yang disebut pengurutan seluruh genom, yang melihat susunan genetik penuh dari sampel virus, kata Smieja. Ini mengarah pada penemuan varian Omicron dengan jumlah mutasi yang besar – lebih dari 30 pada protein spike saja.

“Itu tampak seperti sesuatu yang berbeda, dan itu jelas terbukti jauh lebih menular,” katanya. “Masih menjadi pertanyaan terbuka apakah itu penyakit yang lebih ringan atau tidak, kami masih mempelajarinya.”

BAGAIMANA CARA KONFIRMASI APAKAH ANDA MEMILIKI OMICRON

Pengurutan seluruh genom adalah cara terbaik untuk benar-benar memastikan apakah seseorang memiliki jenis Omicron dari COVID-19, kata Smiieja. Ini melibatkan analisis set lengkap instruksi genetik dari sampel virus, total setidaknya 29.000 pasangan basa, jelasnya. Ini membuatnya jauh lebih rumit dan memakan waktu daripada tes PCR, misalnya, dan bisa memakan waktu hingga beberapa hari untuk diproses.

“Daripada melakukan satu PCR, [it’s similar to] melakukan sekitar 90 PCR, dan kemudian kami mendapatkan urutan produk yang sebenarnya, ”katanya. “Kami menggabungkan ini semua sehingga kami benar-benar melihat seluruh kode genetik dari satu virus itu.”

Tidak hanya membosankan, tetapi juga mahal, kata Smieja. Akibatnya, seringkali tidak dilakukan untuk setiap kasus positif COVID-19 yang dilaporkan, melainkan sampling, katanya. Di Ontario, ada lima laboratorium utama yang menyediakan pengurutan seluruh genom, kata Smieja, dan mereka hanya melihat persentase kasus positif provinsi untuk menentukan berapa banyak yang terkait dengan setiap varian.

“Mereka tidak akan melakukan itu untuk setiap hal positif [case], itu terlalu banyak pekerjaan,” katanya.

Tetapi bahkan dengan hanya persentase kasus positif untuk dianalisis, para ilmuwan telah memperhatikan tingkat penyebaran varian yang sangat cepat di dalam provinsi, kata Smieja.

“Kami melihat di sebagian besar laboratorium kami lebih dari 90 persen infeksi baru COVID sekarang adalah Omicron,” katanya. “Dalam dua minggu, ini berubah dari sangat, sangat jarang menjadi sangat umum [variant].”

Di Alberta, Omicron telah menjadi strain dominan COVID-19. Kepala petugas kesehatan provinsi itu, Dr. Deena Hinshaw, mengatakan bahwa siapa pun yang terus dites positif sekarang harus berasumsi bahwa mereka mengidap Omicron. Dalam skenario ini, melacak strain yang berbeda menjadi lebih sedikit masalah, kata Gregson.

“Jika semua kue di dalam kotak adalah chocolate chip, Anda tidak perlu mencicipi semuanya untuk mengetahui bahwa itu semua adalah chocolate chip,” katanya.

APAKAH UJI ANTIGEN CEPAT MENGUNGKAPKAN VARIAN?

Semua varian COVID-19 yang ada dapat dideteksi dengan tes antigen cepat yang biasa digunakan di Kanada, kata Smieja, bahkan Omicron.

Tes ini, bagaimanapun, hanya memberikan hasil pada apakah seseorang memiliki COVID-19 atau tidak. Mereka tidak dapat mengetahui apakah seseorang secara khusus telah terinfeksi dengan varian Omicron. Ini karena tes ini menargetkan produk gen-N, atau protein nukleokapsid, sebagai lawan dari protein lonjakan, jelas Gregson.

“Itu tidak akan mengambil varian yang menjadi perhatian ini, yang terutama di wilayah lonjakan,” katanya. “Anda secara teoritis dapat memiliki varian kekhawatiran yang memiliki mutasi pada gen-N yang memengaruhi alat deteksi antigen Anda, tetapi bukan itu yang telah kita lihat sejauh ini.”

Namun, mereka dapat dengan mudah dikirim ke banyak orang dan memberikan hasil tes cepat. Namun Smieja menegaskan mereka bukan pengganti tes PCR.

“PCR selalu dapat mendeteksi jumlah virus yang jauh lebih kecil [and] Tetap menjadi standar emas untuk orang sakit, untuk orang yang diduga COVID yang dirawat di rumah sakit, dan secara umum, setiap orang yang menunjukkan gejala, ”katanya.


Posted By : keluaran hongkong malam ini